外用软膏和溶液治疗灰指甲效果不好，因为药物无法渗透入甲板。当然也不绝对，如：未感染甲半月的轻中度甲癣可使用擦剂治疗。
通常情况下，灰指甲治疗主要采用口服抗真菌药物。需要注意的是抗真菌药物对肝功能有一定的影响，临床中表现为少数患者在服药一段时间后，转氨酶增高，但这种改变是可逆的，停药后可以恢复。
转氨酶升高有很多原因，如肝炎、感冒、药物、劳累等，治疗前面诊医生需要了解病患是长期转氨酶不正常还是偶然情况。如果只是偶然升高，还是可以采取口服药物治疗。如果是长期，就要根据患者肝功能状况酌情用药或采取仪器理疗取代药物。
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