食药用菌菌丝体分泌的胞外酶对有毒有害物质进行降解和转化，可以作为生物修复剂使用，具有经济、高效以及环境友好等优势。食药用菌菌丝体产生的木质素降解酶(包括木质素过氧化酶、锰过氧化酶和漆酶等)是其具备生物修复功能的主要原因。
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糙皮侧耳(Pleurotusostreatus)菌丝体通过细胞转运和胞内积累作用减少基质中的重金属(铅、镉和铬等),其中对铅的耐受和富集能力较强，其次是镉和铬。亚香棒虫草(Cordycepshawkesii)菌丝体对锌、锰的最大耐受质量浓度为25、30g·L-1,并通过菌丝体产生的过氧化氢酶、超氧化物歧化酶以及过氧化物酶的协同作用，使锌、锰富集在菌丝体的细胞壁、细胞膜和细胞器中。糙皮侧耳菌丝体能去除洗煤废水中的重金属，达到净化污水的效果；菌丝体中金属硫蛋白、抗氧化酶含量的增加和脂质过氧化反应可能是其去除污水中重金属的主要原因。猴头菌(Hericiumerinaceus)菌丝体产生的漆酶和锰过氧化物酶能够降解橄榄油生产废水中的酚类物质，并降低废水毒性。此外，糙皮侧耳、鲍鱼侧耳(P.abalones)和双孢蘑菇菌丝体分泌的漆酶均能降解聚苯乙烯(PS)和聚乙烯(PE),并能将PS和PE作为碳源。
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肺形侧耳(P.pulmonarius)菌丝体通过氧化应激反应和细胞内、外的酶系改变，去除65.50%多氯联苯，降低其46.47%毒性。灵芝菌丝体能降解双对氯苯基三氯乙烷(DDT),在枯草芽孢杆菌协同下对其降解率提高1.6倍;在铜绿假单胞菌协同下对其降解率达到%。糙皮侧耳菌丝体对艾氏剂、狄氏剂2种杀虫剂的降解率分别为%、18%,且菌丝体产生的漆酶对乐果、啶虫脒、高效氯氟氰菊酯和多菌灵4种农药具有降解作用。刺芹侧耳(P.eryngii)菌丝体可使磺胺异恶唑降解为简单有机物，降解率可达99.8%。此外，香菇菌丝体能有效降解唑类抗真菌药——特比萘芬、头孢菌素——呋辛酯、类固醇激素——17α-炔雌醇以及非甾体抗炎药——吡罗昔康。
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食药用菌的修复功能可以改善环境，目前受到广泛