灰指甲患者常以指（趾）甲变色、浑浊、甲板增厚、分离、萎缩、脱落、翘起、表面凹凸不平为主要表现，如果不及时治疗，可能会出现疼痛感或甲永久性损伤。因此，建议患者尽早治疗。目前灰指甲主要应用抗真菌药物进行治疗，有口服与外用药之分，使用后能够起到不错的消炎杀菌功效。常见的有以下几类药物：
一、口服药物：
1.盐酸特比萘芬：该药物对皮肤癣菌、酵母菌、其他霉菌有抑菌和杀菌作用。口服吸收良好，食物不影响其吸收。但特比萘芬长期服用后可能会对人体肝功能造成影响，因此服用期间患者需注意定期进行肝功能监测，观察转氨酶水平是否上升。一旦转氨酶水平上升，则提示肝功能受损，此时需立即停药，灵活调整用药。
2.伊曲康唑：该药物具有广谱抗真菌活性，对于皮肤癣菌、酵母菌、其他霉菌均有较好的抗菌活性；但对镰刀菌和结核菌无活性。注意肝功能异常的患者应慎用该药物，既往有肝脏疾病但是目前肝功能正常者可以服用该药，但需密切监测肝功能，有异常反应者需立即停药。
3.氟康唑：氟康唑对于隐球菌、念珠菌、双相型真菌和皮肤癣菌有抗菌活性；但对克柔念珠菌、光滑念珠菌和其他霉菌天然耐药。口服吸收良好，不受食物影响。
二、外用药物
1.环吡酮胺涂剂：环吡酮胺对皮肤癣菌、酵母菌、其他霉菌有较强的抑菌和杀菌作用，但用药部位后续可能会发生甲周围皮肤刺激症状等不良反应，一般可自行恢复。
2.聚维酮碘搽剂：如亮甲牌复方聚维酮碘搽剂。其主要成分有聚维酮碘和阿司匹林，其中聚维酮碘对微生物、细菌、病*、真菌等具有很强杀伤力，阿司匹林可分解出水杨酸，利于药液的吸收渗透，对于灰指甲的治疗疗效显著。
虽然灰指甲既可选用口服药物，又可局部外用药物进行治疗，但长期以来的治疗效果表明单一用药疗效较差，疗程较长。因此，建议绝大多数患者还是需要联合用药，在口服药物的同时配合外用搽剂治疗，能够起到较优的功效。最后，患者在应用药物治疗期间，需定期更换、清洁鞋袜、经常清洗手足、避免与他人共用生活物品，降低灰指甲的传染风险。